La chiesa arcipretale di Santo Stefano Protomartire si trova nel centro storico di Porto Santo Stefano, di cui è la chiesa parrocchiale, sul versante Nord-orientale del Monte Argentario.
Agli inizi del XVIII secolo, il paese di Porto Santo Stefano, nato ai piedi della Fortezza Spagnola, iniziò ad espandersi tanto che, nel 1741, la vecchia cappella dei soldati non bastò più per la popolazione in continua crescita. Quindi, lo stesso anno, su richiesta delle famiglie santostefanesi, iniziò la costruzione della nuova chiesa dedicata al Protomartire Stefano, che fu consacrata nel 1750. La chiesetta era in stile barocco e presentava una breve navata coperta da volte a crociera terminante con un’abside semicircolare. La chiesa, però, fu fatta saltare dalle truppe tedesche in ritirata il 7 giugno del 1944 e soltanto il campanile rimase in piedi.
Il luogo prescelto per la costruzione della nuova chiesa fu quello della precedente, però con una grande modifica: l’orientamento. Infatti, la facciata del nuovo edificio si trova sul luogo dell’abside di quello barocco, mentre la nuova abside dà su quello che era il sagrato della vecchia chiesa. La costruzione fu terminata nel 1950 e, il giorno di Natale dello stesso anno, la nuova chiesa parrocchiale fu consacrata dal vescovo di Orbetello Paolo Galeazzi.
Fra il 1950 ed il 2006, la chiesa ha subito una serie di rifacimenti interni. Il primo risale al 1963, quando fu installato il grande organo Mascioni. Il presbiterio fu completamente rifatto una prima volta nel 1980 e, in tempi più recenti, nel 2006. Nel 1981, invece, furono installate le vetrate policrome raffiguranti vari santi.
La facciata principale della chiesa si affaccia su via XX Settembre. Essa è costituita da quattro grandi lesene in blocchi di pietra ai lati ed una svettante cuspide, in cui è inserito lo stemma marmoreo del vescovo Paolo Galeazzi, come coronamento. Al centro del prospetto si trova il grande portale, con una larga strombatura poco profonda con arco a tutto sesto. Il secondo prospetto della chiesa si affaccia sull’angusta via di Santo Stefano e termina con tre grandi cuspidi. Qui, sottostante la monofora centrale della facciata monofore, al di sopra del portone, vi è un’iscrizione che ricorda la proclamazione del Dogma dell’Assunzione di Maria
L’interno è costituito da una grande navata unica coperta da volta a botte ribassata. Le pareti laterali sono scandite da una serie di archi ciechi sorretti da possenti pilastri in blocchi di pietra, in cui si aprono le monofore a tutto sesto chiuse da vetrate policrome. In esse sono raffigurati due categorie di Santi: i Patroni dei gruppi ecclesiali e dei mestieri operanti in Porto Santo Stefano ed i Santi legati alla Toscana e all’Argentario. Subito dopo l’ingresso, si trovano due ampliamenti della navata, in cui si trovano i tre altari laterali:
l’altare di Santo Stefano (il primo da destra) su cui si trova la Statua di Santo Stefano, in terracotta, di Emilio Greco;
l’altare del Gesù Misericordioso (il secondo di destra);
l’altare della Vergine (dirimpetto al secondo di destra).
Nell’ultimo tratto della navata e nella grande abside semicircolare decorata con un mosaico dai toni azzurri, si trova il presbiterio, frutto del rifacimento del 2006. In posizione avanzata si trovano l’altar maggiore, costituito da un pilastro a forma di parallelepipedo e dall’ampia mensa, e l’ambone, sulla sinistra, nel quale è anche inserito il candelabro del cero pasquale. Dietro all’altare, al centro, sovrastato dal grande crocifisso in legno dipinto, vi è la sede, formata da tre scranni marmorei più due lignei aggiuntivi ai lati. Il tabernacolo, invece, si trova di fianco all’arco absidale, addossato alla parete di fondo della navata.
Nella conca dell’abside, affiancato dalle panche lignee semianulari del coro, è collocato l’organo a canne Mascioni opus 831, costruito nel 1963. Lo strumento, a due tastiere ognuna di 61 tasti e pedaliera di 32 note, è caratterizzato dal canneto, formato dalle varie canne del registro Principale 8′ del Grand’Organo; la consolle è unita alla cassa, limitata al basamento del canneto, per mezzo di una pedana.